Quinto de once niños Raffaele, ingeniero y matemático, y Silvia Valle, descendiente de la nobleza napolitana y española, tuvieron una infancia difícil por problemas de salud y limitaciones económicas de la familia.
En 1896, con la separación de sus padres, el padre Dolindo (cuyo nombre se refiere a "dolor") se inició con su hermano Elio en la Escuela Apostólica para Sacerdotes Misioneros, y tres años más tarde fue admitido al noviciado.
Hizo sus votos religiosos el 1 de junio de 1901, y dos años después pidió sin éxito ser enviado a China como misionero.
Tras su ordenación, el 24 de junio de 1905, con casi 23 años, fue nombrado profesor de seminaristas en la Escuela Apostólica y profesor de canto gregoriano. Se trasladó brevemente a Tarento y luego al seminario de Molfetta, donde enseñó y trabajó para reformar el propio seminario.
El 29 de octubre de 1907, fue convocado de nuevo a Nápoles y se le ordenó que dejara de ocuparse del caso. Acusado de "hereje formal y dogmático", viajó a Roma para someterse al juicio del Santo Oficio: tras cuatro meses de investigación, en los que Ruotolo no se retractó, fue suspendido y obligado a someterse a exámenes psiquiátricos. Estos demostraron que estaba cuerdo.
El 13 de abril de 1908 fue llamado a Nápoles por los superiores de la congregación, que lo sometieron a un exorcismo.
Se trasladó a Rossano, en Calabria; el 8 de agosto de 1910, una solicitud de revisión de su suspensión tuvo un resultado positivo, y tras dos años y medio de suspensión fue rehabilitado. Una segunda vez, en diciembre de 1911, fue convocado a Roma y luego enviado de nuevo a Nápoles en 1912. Juzgado en un juicio canónico en 1921, fue condenado y nuevamente destituido. Finalmente se rehabilitó el 17 de julio de 1937, a la edad de 55 años.
Su vida como sacerdote diocesano, continuó en Nápoles, en la iglesia de San Giuseppe dei Nudi, de la que su hermano Elio era párroco. Aquí el padre Dolindo fue el fundador de la Obra de Dios y de la Opera Apostolato Stampa.
Ruotolo dejó un Comentario a la Sagrada Escritura en 33 volúmenes, numerosas obras teológicas, ascéticas y místicas, volúmenes enteros de escritos epistolares, autobiográficos y de doctrina cristiana.
El Comentario a la Escritura adoptó el método exegético tradicional en un intento de reconstruir la ruptura entre la ciencia y la fe en la exégesis, método que fue combatido posteriormente por el Pontificio Instituto Bíblico y la Pontificia Comisión Bíblica encabezados por Augustin Bea y Eugene Tisserant, respectivamente.
Su obra fue condenada por el Santo Oficio.En
Entre las obras escritas por el padre Dolindo Ruotolo se encuentra también el Acto de abandono: un breve escrito que, como la línea mística propuesta por Jean-Pierre de Caussade, se refiere a la entrega cierta y total de los fieles en manos de Cristo.
Como menciona el texto "Abandonarse significa cerrar tranquilamente los ojos del alma, apartar los pensamientos de la aflicción y entregarse de nuevo a Mí, para que Yo mismo pueda obrar, diciendo: "Tú piensa en ello" (...). (...) Cierra los ojos y déjate llevar por la corriente de Mi gracia, cierra los ojos y no pienses en el presente, aparta tus pensamientos del futuro como si fueran una tentación, descansa en Mí creyendo en Mi bondad, y te juro por Mi amor que hablándome con estas disposiciones: "Tú piensas en ello", Yo pienso en ello plenamente, te consuelo, te libero, te guío".
En el mismo nivel se encuentra otra obra importante del Padre Dolindo: la Novena del Abandono: un instrumento de oración sencillo y poderoso a la vez: "...Cierra los ojos y déjate llevar por la corriente de Mi gracia, cierra los ojos y no pienses en el presente, apartando tus pensamientos del futuro como de la tentación, descansa en Mí creyendo en Mi bondad...".
En 1960, un ataque de apoplejía le incapacitó el lado izquierdo del cuerpo. Murió el 19 de noviembre de 1970.
Su cuerpo está enterrado en la iglesia de San Giuseppe dei Vecchi y Nuestra Señora de Lourdes en Nápoles.
Es costumbre entre los napolitanos golpear tres veces el mármol de su tumba en nombre de la Santísima Trinidad, rezando tan fielmente para obtener gracias espirituales y materiales por su intercesión, porque dijo: "Venid y llamad a mi tumba... yo os responderé".
El culto al Padre Dolindo
San Pío de Pietrelcina decía de él, a los fieles napolitanos que peregrinaban hasta él: "¿Por qué venir aquí si tenéis a Don Dolindo en Nápoles? Acudid a él, es un santo".
El nombre de Dolindo Ruotolo también está asociado a un mensaje considerado profético por los devotos el 2 de julio de 1965, representado en el reverso de una imagen de Nuestra Señora y dirigido al polaco Vytautas Laskowski. El documento, autentificado por el obispo Pavel Hnilica, se refiere al final del comunismo: "María por el alma. El mundo se dirige a la ruina, pero Polonia, como en tiempos de Sobieski, por la devoción que tiene en mi corazón, será hoy como los 20.000 que salvaron a Europa y al mundo de la tiranía turca. Ahora Polonia liberará al mundo de la más terrible tiranía comunista. Se levanta un nuevo Juan que romperá las cadenas con una marcha heroica, más allá de los límites impuestos por la tiranía comunista. Recordad esto. Bendigo a Polonia. Os bendigo. Bendíceme. Pobre Don Dolindo Ruotolo - Via Salvator Rosa, 58, Nápoles".
Considerado por muchos como un paladín de la espiritualidad napolitana y de la Iglesia católica, descansa en la iglesia de San Giuseppe dei Vecchi, mientras que la iglesia de San Giuseppe dei Nudi contiene la tumba de su hermano Elio.
El proceso de canonización está actualmente en curso.