Quinto di undici bambini Raffaele, ingegnere e matematico, e Silvia Valle, discendente di nobili napoletani e spagnoli, hanno avuto un'infanzia difficile a causa di problemi di salute e di ristrettezze economiche della famiglia.
Nel 1896, con la separazione dei suoi genitori, padre Dolindo (il cui nome si riferisce al "dolore") è stato iniziato con il fratello Elio alla Scuola Apostolica per Sacerdoti Missionari e tre anni dopo è stato ammesso al noviziato.
Prese i voti religiosi il 1° giugno 1901 e due anni dopo chiese, senza successo, di essere inviato in Cina come missionario.
Dopo la sua ordinazione sacerdotale il 24 giugno 1905, a quasi 23 anni, fu nominato professore dei seminaristi alla Scuola Apostolica e insegnante di canto gregoriano. Si trasferì brevemente a Taranto e poi al seminario di Molfetta, dove insegnò e lavorò alla riforma del seminario stesso.
Il 29 ottobre 1907 viene richiamato a Napoli e gli viene ordinato di non occuparsi più del caso. Accusato di essere un "eretico formale e dogmatico", si reca a Roma per sottoporsi al giudizio del Sant'Uffizio: dopo quattro mesi di indagine, in cui Ruotolo non ritratta, viene sospeso e costretto a sottoporsi a esami psichiatrici. Questi dimostrarono che era sano di mente.
Il 13 aprile 1908 fu convocato a Napoli dai superiori della congregazione, che lo sottoposero ad un esorcismo.
Si trasferisce a Rossano in Calabria; l'8 agosto 1910 una richiesta di revisione della sua sospensione ha un esito positivo e dopo due anni e mezzo di sospensione viene riabilitato. Una seconda volta, nel dicembre 1911, fu convocato a Roma e poi rimandato a Napoli nel 1912. Processato in un processo canonico nel 1921, fu condannato e nuovamente rimosso. Fu finalmente riabilitato il 17 luglio 1937, all'età di 55 anni.
La sua vita di prete diocesano continuò a Napoli, nella chiesa di San Giuseppe dei Nudi, di cui suo fratello Elio era parroco. Qui Padre Dolindo è stato il fondatore dell'Opera di Dio e dell'Opera Apostolato Stampa.
Ruotolo ha lasciato un Commento alla Sacra Scrittura in 33 volumi, molte opere teologiche, ascetiche e mistiche, interi volumi di scritti epistolari, autobiografici e di dottrina cristiana.
Il Commento alla Sacra Scrittura adottò il metodo esegetico tradizionale nel tentativo di ricostruire la rottura tra scienza e fede nell'esegesi, un metodo che fu successivamente combattuto dal Pontificio Istituto Biblico e dalla Pontificia Commissione Biblica, diretti rispettivamente da Augustin Bea e Eugene Tisserant.
Il suo lavoro fu condannato dal Sant'Uffizio.
Tra le opere scritte da padre Dolindo Ruotolo, c'è anche l'Atto di abbandono: un breve scritto che, come la linea mistica proposta da Jean-Pierre de Caussade, riguarda la consegna certa e totale dei fedeli nelle mani di Cristo.
Come dice il testo: "Abbandonarsi significa chiudere tranquillamente gli occhi dell'anima, distogliere il pensiero dalle afflizioni e rimettersi a Me, affinché Io stesso possa operare, dicendo: "Pensaci tu" (...). (...) Chiudi gli occhi e lasciati trasportare dalla corrente della mia grazia, chiudi gli occhi e non pensare al presente, allontana il pensiero dal futuro come se fosse una tentazione, riposa in Me credendo nella mia bontà, e ti giuro sul mio amore che parlando con Me con queste disposizioni: "Tu ci stai pensando", Io ci sto pensando pienamente, ti sto confortando, ti sto liberando, ti sto guidando".
Sullo stesso piano si colloca un'altra importante opera di Padre Dolindo: la Novena dell'Abbandono: uno strumento di preghiera semplice e potente allo stesso tempo: "...Chiudi gli occhi e lasciati trasportare dalla corrente della mia grazia, chiudi gli occhi e non pensare al presente, distogli il pensiero dal futuro come dalla tentazione, riposa in Me credendo nella mia bontà...".
Nel 1960 un ictus gli ha reso invalido il lato sinistro del corpo. Morì il 19 novembre 1970.
Il suo corpo è sepolto nella chiesa di San Giuseppe dei Vecchi e della Madonna di Lourdes a Napoli.
È consuetudine dei napoletani bussare tre volte al marmo della sua tomba in nome della Santissima Trinità, pregando così fedelmente di ottenere grazie spirituali e materiali per sua intercessione, perché ha detto: "Venite a bussare alla mia tomba... vi risponderò".
Il culto di Padre Dolindo
San Pio da Pietrelcina diceva di lui, ai fedeli napoletani che andavano in pellegrinaggio da lui: "Perché venire qui quando avete don Dolindo a Napoli? Andate da lui, è un santo".
Il nome di Dolindo Ruotolo è anche associato a un messaggio considerato profetico dai devoti il 2 luglio 1965, raffigurato sul retro di un'immagine della Madonna e indirizzato al polacco Vytautas Laskowski. Il documento, autenticato dal vescovo Pavel Hnilica, riguarda la fine del comunismo: "Maria per l'anima. Il mondo va verso la rovina, ma la Polonia, come ai tempi di Sobieski, per la devozione che ha nel mio cuore, sarà oggi come i 20.000 che salvarono l'Europa e il mondo dalla tirannia turca. Ora la Polonia libererà il mondo dalla più terribile tirannia comunista. Sta sorgendo un nuovo Giovanni che spezzerà le catene con una marcia eroica, oltre i limiti imposti dalla tirannia comunista. Ricordate questo. Benedico la Polonia. Vi benedico. Benedico me. Povero Don Dolindo Ruotolo - Via Salvator Rosa, 58, Napoli".
Considerato da molti un campione della spiritualità napoletana e della Chiesa cattolica, riposa nella chiesa di San Giuseppe dei Vecchi, mentre la chiesa di San Giuseppe dei Nudi contiene la tomba del fratello Elio.
Il processo di canonizzazione è attualmente in corso.