Vijfde van elf kinderen Raffaele, een ingenieur en wiskundige, en Silvia Valle, een afstammeling van Napolitaanse en Spaanse adel, hadden een moeilijke jeugd als gevolg van gezondheidsproblemen en financiële beperkingen van de familie.
In 1896, met de scheiding van zijn ouders, werd vader Dolindo (wiens naam verwijst naar "pijn") werd samen met zijn broer Elio ingewijd in de Apostolische School voor Missiepriesters, en drie jaar later werd hij toegelaten tot het noviciaat.
Hij legde zijn religieuze geloften af op 1 juni 1901 en vroeg twee jaar later tevergeefs om als missionaris naar China te worden gezonden.
Na zijn priesterwijding op 24 juni 1905, op bijna 23-jarige leeftijd, werd hij benoemd tot professor van de seminaristen aan de Apostolische School en leraar Gregoriaans. Hij verhuisde kort naar Taranto en vervolgens naar het seminarie van Molfetta, waar hij les gaf en werkte aan de hervorming van het seminarie zelf.
Op 29 oktober 1907 werd hij naar Napels teruggeroepen en gelast zich niet meer met de zaak bezig te houden. Beschuldigd van "formele en dogmatische ketterij", begaf hij zich naar Rome om zich te onderwerpen aan het oordeel van het Heilig Officie: na vier maanden onderzoek, waarin Ruotolo zich niet terugtrok, werd hij geschorst en gedwongen psychiatrische onderzoeken te ondergaan. Deze toonden aan dat hij gezond was.
Op 13 april 1908 werd hij naar Napels ontboden door de oversten van de congregatie, die hem aan een exorcisme onderwierpen.
Hij verhuisde naar Rossano in Calabrië; op 8 augustus 1910 had een verzoek om herziening van zijn schorsing een positief resultaat en na twee en een half jaar schorsing werd hij gerehabiliteerd. Een tweede keer, in december 1911, werd hij naar Rome ontboden en vervolgens in 1912 naar Napels teruggestuurd. Hij werd berecht in een canoniek proces in 1921, werd veroordeeld en weer afgevoerd. Hij werd uiteindelijk gerehabiliteerd op 17 juli 1937, op de leeftijd van 55 jaar.
Zijn leven als diocesaan priester werd voortgezet in Napels, in de kerk van San Giuseppe dei Nudi, waarvan zijn broer Elio parochiepriester was. Hier was pater Dolindo de stichter van het Werk Gods en de Opera Apostolato Stampa.
Ruotolo liet een Commentaar op de Heilige Schrift na in 33 delen, vele theologische, ascetische en mystieke werken, hele delen epistolaire, autobiografische geschriften en christelijke doctrine.
Het Commentaar op de Heilige Schrift nam de traditionele exegetische methode over in een poging om de breuk tussen wetenschap en geloof in de exegese te herstellen, een methode die later werd bestreden door het Pauselijk Bijbels Instituut en de Pauselijke Bijbelcommissie, onder leiding van respectievelijk Augustin Bea en Eugene Tisserant.
Zijn werk werd veroordeeld door het Heilig Officie.
Onder de werken van pater Dolindo Ruotolo is er ook de Akte van Overgave: een kort geschrift dat, zoals de mystieke lijn voorgesteld door Jean-Pierre de Caussade, gaat over de zekere en totale overgave van de gelovigen in de handen van Christus.
Zoals de tekst vermeldt: "Zich overgeven betekent in stilte de ogen der ziel sluiten, de gedachten afwenden van de ellende en zich aan Mij teruggeven, opdat Ik Zelf kan werken, zeggende: "Je denkt erover na". (...). (...) Sluit uw ogen en laat u meevoeren op de stroom van Mijn genade, sluit uw ogen en denk niet aan het heden, wend uw gedachten af van de toekomst alsof het een verzoeking is, rust in Mij gelovend in Mijn goedheid en Ik zweer u bij Mijn liefde dat door tot Mij te zeggen met deze disposities: "Jij denkt erover na," ik denk er volledig over na, ik troost je, ik bevrijd je, ik leid je."
Op hetzelfde niveau staat een ander belangrijk werk van pater Dolindo: de Novene van Verlating: een gebedsinstrument dat tegelijk eenvoudig en krachtig is: "...Sluit je ogen en laat je meevoeren op de stroom van Mijn genade, sluit je ogen en denk niet aan het heden, wend je gedachten af van de toekomst als van de verzoeking, rust in Mij gelovend in Mijn goedheid..."
In 1960 werd de linkerkant van zijn lichaam door een beroerte onbruikbaar. Hij overleed op 19 november 1970.
Zijn lichaam is begraven in de kerk van San Giuseppe dei Vecchi en O.L.V. van Lourdes in Napels.
Het is de gewoonte van de Napolitanen om drie keer op het marmer van zijn tombe te kloppen in naam van de Heilige Drievuldigheid, en zo trouw te bidden om op zijn voorspraak geestelijke en materiële genaden te verkrijgen, want zei: "Kom en klop op mijn graf... Ik zal je antwoorden".
De cultus van Vader Dolindo
De heilige Pio van Pietrelcina zei over hem, tegen de Napolitaanse gelovigen die een pelgrimstocht naar hem maakten: "Waarom kom je hier als je Don Dolindo in Napels hebt? Ga naar hem toe, hij is een heilige".
Dolindo Ruotolo's naam wordt ook in verband gebracht met een door de gelovigen als profetisch beschouwde boodschap op 2 juli 1965, afgebeeld op de achterkant van de beeltenis van Onze Lieve Vrouw en gericht aan een Pool, Vytautas Laskowski. Dit document, gewaarmerkt door bisschop Pavel Hnilica, betreft het einde van het communisme: "Maria voor de ziel. De wereld stevent af op de ondergang, maar Polen zal, net als in de dagen van Sobieski, door de toewijding die zij in mijn hart heeft, vandaag zijn als de 20.000 die Europa en de wereld hebben gered van de Turkse tirannie. Nu zal Polen de wereld bevrijden van de meest verschrikkelijke communistische tirannie. Een nieuwe Johannes staat op, die door een heldhaftige mars de ketenen zal breken, voorbij de grenzen die door de communistische tirannie zijn opgelegd. Onthoud dit. Ik zegen Polen. Ik zegen je. Zegen mij. Arme Don Dolindo Ruotolo - Via Salvator Rosa, 58, Napels"
Hij wordt door velen beschouwd als een voorvechter van de Napolitaanse spiritualiteit en de katholieke kerk. Hij rust in de kerk van San Giuseppe dei Vecchi, terwijl in de kerk van San Giuseppe dei Nudi het graf van zijn broer Elio is.
Het proces van heiligverklaring is momenteel aan de gang.